什么是生信分析服务器?如何配置？前两天，复旦大学已向国外泄露了中国人类基因组计划的部分数据，这些数据被认为是中国的国家机密。这一事件引起了人们对基因数据的保护与共享的关注。其实，中国的人类基因数据分析时间已经从1天提升到7分钟。随着服务器的进步，以前不可能的事情，也越来越多的进入到平常人的生活当中。

经过这一次实践，又看闲鱼上那么多卖生信分析的服务，我想我也有了新的使命，可以提供/协助给对于会装/会用rstudio的广大医学生/研究人员像自来水一样的分析计算资源，并把这样的经验推广并帮助到更多的朋友们。

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一、什么是生信分析服务器?

最近碰上这样的优质客户，说要安装r和rstudio分析10G的数据,并且要安装百度网盘。问什么样的设备可以做这样的分析。进一步询问，了解到其自身8G内存,3060显卡戴尔G16电脑安装后根本带不动。网上搜索了一下rstudio的硬件配置，找到这样一篇文章《单细胞转录组基础分析一：分析环境搭建》，文章来源于生信会客厅 ，作者Kinesin。里边有一段关于硬件要求的描述：

10X Genomics单细胞数据分析对电脑硬件配置要求比较高。上游分析软件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G内存，推荐配置为16核CPU+128G内存，这显然不是个人电脑可以胜任的。下游分析使用R语言Seurat包时，10000个细胞的表达矩阵，8G内存的电脑就不能应付了。因此没有服务器的同学不用考虑上游分析，仅做下游分析最低也要16G内存的电脑。

机器性能配置初步成型

发给客户一聊，其立即表示认可，确实需要这么大的配置。再问是只做数据分析，不涉及图像处理。那么配置就清晰下来，数据只要10G，分析后也只有5G左右，包系统20G左右。一般40G的系统盘基本也能满足要求，跟客户建议多配置20G做数据盘。后来了解分析后数据要下载大概5G，且只是某个时间需要下载，按照1M下载速率除8算，10*1024*1024/128/60/60=22.76小时，所以可以选择按照流量计费，带宽可以升级带宽到100M，无下载流量不需要费用。

二、生信分析服务器初步建议客户配置：(一般围绕客户使用场景也主要了解判断如下三方面要求)

1、16核128G内存

2、60G硬盘(应该推荐超高IO类型的硬盘)

3、网络按流量计费，带宽开100M(初次建议5M，后来了解分析后还有5G数据要下载，建议是100M)

客户下载r,rstudio,网盘和数据到服务器，准备就绪，导入数据到rstudio，结果反馈导了10几分钟还没有导完。后来估计40多分钟左右才导完。

所以貌似16核128G配置还是略显有点不足，实际还可以升级配置到24vCPUs 192GiB内存或更高。速度上去了，实际总体使用成本应该不会差多少，但至少节约了时间。客户反馈实际1-2天时间就可以完成数据分析，总体成本两三百元或者更少。

后来了解到客户实际运行一段时间，没信心跑下去就把机器关掉删掉了资源。再花了500元让别人分析给结果数据了。

三、生信分析服务器方案配置成本：

客户反馈这次数据有15G的基因数据，所以硬盘容量60G应该是够。因为升级机器性能只会换CPU和内存，所以磁盘类型就需要从一开始就选型好。从rstudio分析基因数据的统计来看，涉及到读和写，读入速度也是考虑的一方面，如本次15G数据读入就花了1小时15分钟左右，内存占用也到了190多G。

所以选择尽可能高读写性能的磁盘类型，这里选择了超高IO，60G一小时是0.08元。带宽方面，客户使用方式上就远程桌面到云服务器下载网盘，下载R，rstudio和数据，然后配置和运行操作，不涉及到频繁的大量的数据从服务器流出的情况。所以建议客户配置带宽为100M，计费方式为按量计费。

下载1G数据也才0.64元。CPU和内存方面，rstuido分析CPU占用率并不高，目前实际观察8核也够了，具体可能和算法及基因数据不同有差异，待进一步观察;内存却是占用大头。这部分根据前人经验有个初步对应供参考。这样服务器配置和操作过程就非常清晰了。

四、生信分析服务器具体配置方案

按照上述步骤创建服务器和准备，导数据前打开RStudio，输入memory.limit()检查rstuido能分配的内存是否足够大(这里单位为M)，如和购买服务器内存不一致，可以用如memory.limit(256000)设为256G。

客户导了不到一个小时又开始急了，说一直没动静像卡住了。安慰其打开任务管理器查看CPU和内存有无变化，rstudio的CPU实际占用率只有3.1上下跳动，内存却隔几秒钟就出现G级的增长。观察了一阵，导入命令运行完了，内存占用稳定在190G。从交流时间和如下账单分析15G数据导入消耗了1小时15分钟左右。

随后客户运行分析。从账单和关机时间分析，应该分析时间在1个半小时左右。

如下为此次生信数据准备和分析过程的账单详情，成本在37.8元左右。

最后：想想正是有了云计算的便利，才使得生信分析服务器的硬件配置几分钟就可以获得，即便要调整配置也就是几分钟的事情。而且即用即申请，不用可关机，用完即刻释放，成本也相对极低。对于非大企业，研究机构的小公司，个人分析者，真实实实在在的方便，正如文章中所讲没有服务器的同学不用考虑上游分析，如今想要用就可以随时可用而且用得起。

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